以公司组织管辖系统为准，公司分为总公司与分公司。总公司与分公司相对、母公司与子公司相对。没有总公司，就没有分公司，没有分公司，也就没有总公司。所谓总公司，又称本公司，是指依法首先设立的公司本体；分公司是指接受总公司管辖的分支机构。
我国《公司法》第14条规定：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。”因此，正确区分分公司与子公司具有实益。
其一，法律人格之有无不同。子公司虽受母公司控制，对于母公司的指示有可能亦步亦趋，但具有独立的法律人格，卓然独立于母公司；而分公司虽开展活跃的商事活动，但不具备独立法人资格，在法律上不能独立于总公司。母子公司之间犹如母亲与儿子的关系，二者均为独立民事主体。总公司与分公司之间犹如人与其手脚之间的关系，分公司没有独立于总公司的独立法律人格。
其二，行为能力不同。子公司可独立对外与第三人缔结法律关系，并以自己的全部公司财产对自己的债务承担清偿责任，而分公司原则上仅能根据总公司的授权对外缔结法律关系，对于自己开展经营活动产生的债务亦不能以总公司划拨的财产为限承担清偿责任。例如，根据我国《担保法》第10条之规定，企业法人的分支机构不得为保证人，企业法人的分支机构有法人书面授权的，可在授权范围内提供保证。又根据该法第29条之规定，企业法人的分支机构未经法人书面授权或超出授权范围与债权人订立保证合同的，该合同无效或超出授权范围的部分无效，债权人和企业法人有过错的，应根据其过错各自承担相应的民事责任；债权人无过错的，由企业法人承担民事责任。
其三，诉讼主体资格不同。子公司既具有独立的民事诉讼主体资格，又有独立的民事责任能力；而分公司仅具有民事诉讼主体资格，但无独立的民事责任能力。根据我国《民事诉讼法》第49条第1款之规定，公民、法人和其他组织可作为民事诉讼的当事人。因此，分公司可担当民事诉讼中的原告、被告或第三人，但并不意味着分公司能够独立承担民事责任。相反，由于分公司财产是总公司财产的组成部分，人民法院或仲裁机构对分公司所作的生效判决书或裁决书对于总公司具有当然的拘束力。
其四，纳税义务主体不同。子公司为独立纳税义务主体。子公司即使与母公司一道编制合并财务报表，也应单独履行纳税义务。子公司不得以子公司营利、母公司亏损为由拒绝履行缴纳所得税义务。而分公司并非独立的纳税义务主体，分公司的经营所得须与总公司及其他分公司的经营所得合并之后计算应纳税所得额。
其五，控制程度不同。总公司对分公司的人财物产供销具有绝对的决策权和控制力，既可决定分公司负责人的任免，又可决定分公司的经营方向和日常经营活动。母公司虽能维持对子公司人员、财务和业务的高度控制力，但这种控制力必须限定在法律允许的边界之内。倘若债权人认为母公司对子公司的控制程度近乎总公司对分公司的控制程度，则可援引揭开公司面纱制度请求母公司对子公司债务承担连带责任。
尽管分公司与子公司存在着本质区别，二者之间也可依法相互转化。公司可基于自身的发展战略与风险控制也可依法定程序将分公司转化为子公司（包括一人公司），或将子公司转化为分公司。例如，国务院于2006年11月11日正式颁布了《外资银行管理条例》，鼓励和引导在我国境内设立的外资银行分行改制为具有中国法人资格的银行或其分行。2007年3月29日，首批改制通过的四家外资银行在上海取得了《企业法人营业执照》，它们是东亚银行、汇丰银行、渣打银行、花旗银行。接着，又有6家外资银行先后获得改制通过。
