针对专利等知识产权有效性问题，申请认定企业存在如下误区：
①认为只有拿到专利证书才能申请认定；
②认为申请受理通知书拿到就能申请认定；
③认为专利证书拿到后无须缴纳年费，即可申请认定。这里要说明的是，专利授权通知书或授权证书都可作为有效知识产权，但必须缴纳年费且保证申请认定通过后未来了年内(重新认定前)有效。
针对“知识产权须在中国境内授权或审批审定”的定义，很多申请企业在申请认定时误将国外专利计人相应数量；这里说明的是国外专利仅可作为科技成果转化或企业的技术水平获得的阶段性成果，不能作为符合认定条件要求的知识产权。
涉及知识产权的权属人问题，申请企业在公司名称变更后，特别是一些已进行股份制改造但其知识产权权属人未进行变更的企业，其知识产权权属人不能确定为名称变更后的申请认定企业。
申请企业误认为申请高新技术企业认定必须要有发明专利授权。这里要说明的是，没有I类知识产权也可申请高新技术企业认定，但没有发明专利等I类知识产权，在技术专家对企业自主创新能力评价中的分数会相对偏低。
涉及II类知识产权仅限使用1次的问题，重新申请认定的企业误认为2016年为新《认定办法》实施的第1年，之前获得且使用过的II类知识产权仍可以使用。这里需要指出的是，重新认定企业对于之前使用过的I类知识产权是不能计人的，而I类知识产权可重复使用。
针对申请企业获得的知识产权为多个权属人情况，特别是集团公司及新成立的相关联公司等，若有－一个权属人在申请高新技术企业认定时已使用后又用于新公司或相关联公司继续申请高新技术企业认定使用，无论是I类还是II类知识产权都是不允许2个权属人同时或重复使用的。若有多个企业是共同权属人的，需要申请认定企业提供其他共有权属人企业不以此知识产权申请高新技术企业认定的承诺书或相关证明材料。
针对知识产权与产品的核心技术相关性问题，很多申请认定企业在申报专利时未考虑其在技术领域和产品核心技术的支持作用，这是目前存在的最大问题。例如，有企业生产的婴儿奶粉，其核心技术为婴儿奶粉的配方技术，而申报专利为老年奶粉的配方;有企业生产的有铬山羊皮，而申报专利为无铬复鞣工艺等。上述问题无论在判断知识产权的相关度，还是自主创新能力评价都是专家评审、认定过程和认定后抽查需要重点审查的问题，审查时主要通过高新技术产品(服务)表(PS表)的关键技术、技术指标和与以往产品的竞争优势等判断知识产权与产品的核心技术相关度。
