虽然商标查询可以减少不必要的损失发生。但是，由于各种条件限制及主观因素影响，商标查询也存在局限性:
1）查询的准确性无法得到绝对的保障
任何国家和机构都不保证查询结果的绝对准确性，造成这种情况的原因主要是供查询的档案不够完备、不够准确以及检索人员对官方关于近似的审查尺度把握不准确，将应该视为近似的商标视为不近似而不予报告，或不应视为近似的却判断为近似。
2）图形商标查询难度高
相对说来，文字商标及数字商标的查询比较简单，而图形商标的查询工作量大且难度较高，使得部分国家或地区不接受关于图形商标的查询。因此，在这些国家，人们在申请前无法通过查询获得在先注册或申请的图形商标的情况。
3）商标检索“空白期”的存在
即从申请人递交商标申请之日起往前推4-6个月，在此期间提交的所有注册申请是无法检索到的。
因为新提交的申请通常要等数星期才能获得官方的收据。而申请日期、申请号、商标图样、商品类别、申请人名称、地址等信息要在官方收据发出后才能被输人电脑数据库或记录在商标文献库内。因此，会有一部分提交不久的申请无法通过查询查出，而在这部分申请中可能存在对查询人所要提交的申请构成注册障碍的。
4）较难查明跨类近似的商标
在多数国家，查询是按照商品及服务的分类进行的，但在《商标注册用商品和服务国际分类》及其他一些国家或地区的分类中，都存在着跨类近似的问题。
比如在商标局使用的《类似商品和服务区分表》中明确写明:国际分类表第21类的“化妆用具”与第3类的“成套化妆用具”类似，第9类的“学习机、电子教学学习机、带有图书的电子发声装置”与第16类的“带有电子发声装置的儿童图书”类似。还有一些商品或服务虽然未在《类似商品和服务区分表》中列明为跨类类似，但根据商品的性质、用途，有可能被商标审查员认定与另一类别的商品类似，如某个使用商品为第7类的“火花塞”的商标申请经异议后被裁定与已注册的使用在第12类“汽车上使用的火花塞”的另一商标近似。
如上所述，虽然商标查询存在一定的局限性，但商标查询无法涵盖的商标注册申请毕竟是少数，跨类近似和驰名商标造成的障碍也只是特例。经过查询后再提交的商标申请，其注册的成功率远远高于未经过查询即提交申请的商标申请。因此，为使自己的商标尽可能顺利地获得注册及保护，商标注册申请人在商标注册申请前甚至在商标设计期间就应当仔细进行商标查询，以提高商标注册成功率及减少损失。
