(1）缔约方的主体范围不同:《马德里协定》规定只有巴黎公约成员国才有
资格加入;而《马德里议定书》则规定，除巴黎公约成员国外，政府间组织(如欧盟)也可以加入。
(2）申请注册要求不同:申请国际注册指定保护为《马德里协定》缔约方的，其商标必须是已获准注册或已被初步审定;申请国际注册指定保护为纯《马德里议定书》缔约方的，其商标既可以是已经注册的商标，也可以是刚被受理的注册申请。
(3）工作语言不同:《马德里协定》使用的工作语言仅为法语;《马德里议定书》使用的工作语言可选择法语、英语或西班牙语。
(4）规费不同:申请国际注册指定保护为《马德里协定》缔约方的，其申请只要缴纳统一规费即可;申请国际注册指定保护为纯《马德里议定书》缔约方的，其申请除要缴纳统一规费外，还需依照各国规定缴纳单独规费。
(5）驳回期限不同:《马德里协定》规定缔约方的审查期限为十二个月，也就是说一个商标国际注册向国际局登记此项国际注册之日起，十二个月左右后申请人没有收到驳回通知，该商标一般已在被指定的国家给予保护;而《马德里议定书》则赋予缔约方一定选择权，审查期限可以是十二个月，也可以是十八个月。
(6）国家基础注册与商标国际注册的关系不同:依照《马德里协定》保护的国际注册商标，自国际注册（申请)之日起五年内，如果该商标在国内注册已全部或部分被撤销、注销，那么，无论国际注册是否已经转让，该国际注册商标在所指定国家都会被撤销，并丧失保护。而依照《马德里议定书》保护的国际注册商标，自国际注册之日起五年内，如果该商标在国内的注册已全部或部分被撤销、注销，商标所有人可在该商标被撤销之日起三个月内，向所指定的《马德里议定书》缔约方商标主管机关提交一份申请，并按照各缔约方的规定缴纳一定的费用，即可将商标国际注册转换为缔约方国家注册。
需要注意的是，虽然《马德里协定》与《马德里议定书》存在诸多区别,但它们之间也存在一定的联系，表现在:
①对于签署了《马德里协定》和《马德里议定书》的“双料”缔约方，在相互关系中只适用议定书规则。
②就“双料”缔约方而言，18个月驳回期限、异议导致的驳回，可在18个月期限届满后通知以及单独规费的规定，对其与另一个“双料”缔约方之间的关系不产生任何效力。只有对纯议定书缔约方，驳回期限才为18个月。
综上所述，《马德里议定书》是在《马德里协定》的基础上发展而来，并在申请条件、审查周期、工作语言、收费标准和收费方式、保护期限以及国际注册与基础注册的关系等程序方面做了重要修改，使得商标国际注册程序更加公平、科学、便捷，更加有利于保护商标注册当事人的权益，也更加有利于各缔约方商标主管机关独立审查并协调一致工作。
