商标国际注册既可通过单一国家逐一注册，也可通过马德里体系进行多国家同时注册，两者各有利弊，制度各有优劣。
企业如果逐一在产品出口国家进行商标国际注册，不但手续繁杂、费用亦较高，如在美国、日本、欧盟等一些发达国家注册一件商标，申请人需支付高约2000美元的费用，在东南亚等国家一般在1000美元以上，如果在多个产品出口国注册，所支付的费用成本明显较高。
而通过马德里商标国际注册，申请人只需通过国家商标局向国际注册局一次性提出注册申请和缴纳费用，即可在多个国家获得注册，办理手续简便，时间较短，费用也明显比选择逐一国家注册要低。
一般来讲，若目标国家超过5个，且均为马德里成员国的,选择马德里商标国际注册方式更有优势。
