根据《商标法》(2013)、 《中华人民共和国商标法实施条例》(2014)、 《工商行政管理机关行政处罚程序》(2007)， 商标行政保护应当遵循以下流程。
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1.立案与调查
商标侵权行政保护程序首先由立案程序启动。工商行政管理机关依据监督检查职权，或者通过投诉、申诉、举报、其他机关移送、上级机关交办等途径发现、查处违法行为。工商行政管理机关应当自收到投诉、申诉、举报、其他机关移送、上级机关交办的材料之日起七个工作日内予以核查，并决定是否立案;特殊情况下，可以延长至十五个工作日内决定是否立案。
2.商标侵权的核审与告知
省级工商行政管理机关可以根据本辖区的实际情况，确定辖区内各级工商行政管理机关核审商标侵权案件的类型和范围。工商行政管理所以自己的名义实施行政处罚的案件，由工商行政管理所的法制员负责核审。核审机构接到办案机构的核审材料后，应当予以登记，并指定具体承办人员负责核审工作。案件核审的主要内容包括:
①所办案件是否具有管辖权;
②当事人的基本情况是否清楚;
③案件事实是否清楚、证据是否充分;
④定性是否准确;
⑤适用依据是否正确;
⑥处罚是否适当;
⑦程序是否合法。
3.商标侵权的决定
工商行政管理机关负责人经对案件调查终结报告、核审意见或者听证报告,，当事人的陈述、申辩意见，拟作出的行政处罚决定进行审查，根据不同情况分别作出给予行政处罚、销案、不予行政处罚、移送其他机关等处理决定。工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，由工商行政管理部门责令停止销售。
4.商标侵权处罚决定的执行
处罚决定依法作出后，当事人应当在行政处罚决定的期限内予以履行。工商行政管理机关对当事人作出罚款、没收违法所得处罚的，应当由当事人自收到处罚决定书之日起十五日内，到指定银行缴纳罚款。当事人逾期不履行行政处罚决定的，作出行政处罚决定的工商行政管理机关可以采取下列措施:
①到期不缴纳罚款的，每日按罚款数额的百分之三加处罚款;
②根据法律规定，将查封、扣押的财物拍卖或者将冻结的存款划拨抵缴罚款;
③申请人民法院强制执行。
