商标侵权行政保护程序首先由立案程序启动。工商行政管理机关依据监督检查职权，或者通过投诉、申诉、举报、其他机关移送、上级机关交办等途径发现、查处违法行为。工商行政管理机关应当自收到投诉、申诉、举报、其他机关移送、上级机关交办的材料之日起七个工作日内予以核查，并决定是否立案;特殊情况下，可以延长至十五个工作日内决定是否立案。
立案应当填写立案审批表，同时附上相关材料( 投诉材料、申诉材料、举报材料、上级机关交办或者有关部门移送的材料、当事人提供的材料、监督检查报告、已核查获取的证据等)，由县级以上工商行政管理机关负责人批准，办案机构负责人指定两名以上办案人员负责调查处理。对于不予立案的投诉、举报、申诉，经工商行政管理机关负责人批准后，由办案机构将结果告知具名的投诉人、申诉人、举报人。工商行政管理机关应当将不予立案的相关情况作书面记录留存。
立案后，办案人员应当及时进行调查,收集、调取证据，并可以依照法律、法规的规定进行检查。首次向案件当事人收集、调取证据的，应当告知其有申请办案人员回避的权利。向有关单位和个人收集、调取证据时，应当告知其有如实提供证据的义务。办案人员应当依法收集与案件有关的证据。证据包括以下几种:
①书证;
②物证;
③证人证言;
④视听资料、计算机数据;
⑤当事人陈述;
⑥鉴定结论;
⑦勘验笔录、现场笔录。
上述证据，应当符合法律、法规、规章等关于证据的规定，并经查证属实，才能作为认定事实的依据。办案人员可以询问当事人及证明人。询问应当个别进行。询问应当制作笔录，询问笔录应当交被询问人核对。经核对无误后，由被询问人在笔录上逐页签名、盖章或者以其他方式确认。办案人员亦应当在笔录上签名。办案人员可以要求当事人及证明人提供证明材料或者与违法行为有关的其他材料，并由材料提供人在有关材料、上签名或者盖章。
办案人员应当收集、调取与案件有关的原始凭证作为证据;调取原始证据有困难的，可以提取复制件、影印件或者抄录本，由证据提供人标明“经核对与原件无误”、注明出证日期、注明证据出处，并签名或者盖章。对于视听资料、计算机数据，办案人员应当收集有关资料的原始载体。收集原始载体有困难的，可以收集复制件，并注明制作方法、制作时间、制作人等情况。声音资料应当附有该声音内容的文字记录。对有违法嫌疑的物品或者场所进行检查时，应当有当事人或者第三人在场，并制作现场笔录，载明时间、地点、事件等内容，由办案人员、当事人、第三人签名或者盖章。
必要时，可以采取拍照、录像等方式记录现场情况。工商行政管理机关抽样取证时，应当有当事人在场，办案人员应当制作抽样记录，对样品加贴封条，开具物品清单，由办案人员和当事人在封条和相关记录上签名或者盖章。法律、法规、规章或者国家有关规定对抽样机构或者方式有规定的，工商行政管理机关应当委托相关机构或者按规定方式抽取样品。
为查明案情，需要对案件中专门事项进行鉴定的，工商行政管理机关应当出具载明委托鉴定事项及相关材料的委托鉴定书，委托具有法定鉴定资格的鉴定机构进行鉴定;没有法定鉴定机构的，可以委托其他具备鉴定条件的机构进行鉴定。鉴定结论应有鉴定人员的签名或者盖章，加盖鉴定机构公章。
在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，工商行政管理机关可以对与涉嫌违法行为有关的证据采取先行登记保存措施。采取先行登记保存措施或者解除先行登记保存措施，应当经工商行政管理机关负责人批准。先行登记保存有关证据，应当当场清点，开具清单，由当事人和办案人员签名或者盖章，交当事人一份，并当场交付先行登记保存证据通知书。先行登记保存期间，当事人或者有关人员不得损毁、销毁或者转移证据。
对于先行登记保存的证据，应当在七日内采取以下措施:
①根据情况及时采取记录、复制、拍照、录像等证据保全措施;
②需要鉴定的，及时送交有关部门鉴定;
③违法事实成立，应当予以没收的，作出行政处罚决定，没收违法物品;
④根据有关法律、法规规定可以查封、扣押( 包括封存、扣留，下同)的，决定查封、扣押;
⑤违法事实不成立，或者违法事实成立但依法不应当予以查封、扣押或者没收的，决定解除先行登记保存措施。
逾期未作出处理决定的，先行登记保存措施自动解除。法律、法规规定查封、扣押等行政强制措施的，可以根据具体情况实施。采取强制措施的，应当告知当事人有申请行政复议和提起行政诉讼的权利。采取查封、扣押等行政强制措施，或者解除行政强制措施，应当经工商行政管理机关负责人批准。
查封、扣押当事人的财物，应当当场清点，开具清单，由当事人和办案人员签名或者盖章，交当事人一份，并当场交付查封、扣押财物通知书。依法先行采取查封、扣押措施的，应当在法律、法规规定的期限内补办查封、扣押手续。扣押当事人托运的物品，应当制作协助扣押通知书,通知有关运输部门协助办理，并书面通知当事人。对当事人交存或者寄存的涉嫌违法物品，需要扣押的，责令当事人取出;当事人拒绝取出的，应当会同当地有关部门将其取出，并办理扣押手续。查封、扣押的财物应当妥善保管，严禁动用、调换或者损毁。
对容易腐烂、变质的物品，法律、法规规定可以直接先行处理的，或者当事人同意先行处理的，经工商行政管理机关主要负责人批准，在采取相关措施留存证据后可以先行处理。被查封的物品，应当加贴工商行政管理机关封条，任何人不得随意动用。查封、扣押的财物，经查明确实与违法行为无关或者不再需要采取查封、扣押措施的，应当解除查封、扣押措施，送达解除查封、扣押通知书，将查封、扣押的财物如数返还当事人，并由办案人员和当事人在财物清单上签名或者盖章。
必须对自然人的人身或者住所进行检查的，应当依法提请公安机关执行，工商行政管理机关予以配合。工商行政管理机关依据法律、法规规定采取责令当事人暂停销售，不得转移、隐匿、销毁有关财物等措施，应当经工商行政管理机关负责人批准，书面通知当事人，由当事人履行。办案人员在调查取证过程中，要求当事人在笔录或者其他材料上签名、盖章或者以其他方式确认，当事人拒绝到场，拒绝签名、盖章或者以其他方式确认，或者无法找到当事人的，办案人员应当在笔录或其他材料.上注明原因，必要时可邀请有关人员作为见证人。当事人认为办案人员与当事人有直接利害关系的，有权申请办案人员回避;
办案人员认为自己与当事人有直接利害关系的，应当申请回避。办案人员的回避，由工商行政管理机关负责人决定。案件调查终结，或者办案机构认为应当终止调查的，按照下列方式处理:
(1)认为违法事实成立，应当予以行政处罚的，写出调查终结报告，草拟行政处罚建议书，连同案卷交由核审机构核审。调查终结报告应当包括当事人的基本情况、违法事实、相关证据及其证明事项、案件性质、自由裁量理由、处罚依据、处罚建议等。
(2)认为违法事实不成立，应当予以销案的;或者违法行为轻微，没有造成危害后果，不予行政处罚的;或者案件不属于本机关管辖应当移交其他行政机关管辖的;或者涉嫌犯罪，应当移送司法机关的，写出调查终结报告，说明拟作处理的理由，报工商行政管理机关负责人批准后根据不同情况分别处理。
