依照《知识产权海关保护条例》(2010)， 《关于
商标权人在海关总署申请备案后，海关依申请或依职权发现进出口货物有侵犯备案商标权嫌疑的，应当书面通知商标权人并依法对嫌疑货物予以扣.留，经调查认定被扣留货物构成侵权的由海关予以没收并作出相关处理。
简而言之，商标权海关保护主要分为备案、依申请扣留、依职权调查与处理四个步骤。
1.备案
知识产权备案是知识产权权利人向海关寻求保护的前提条件。知识产权权利人向海关总署申请知识产权海关保护备案的，应当向海关总署提交申请书。知识产权权利人应当就其申请备案的每一项 知识产权单独提交一份 申请书。知识产权权利人申请国际注册商标备案的，应当就其申请的每一类商品单独提交一份申请书。
2.依申请扣留
知识产权权利人发现侵权嫌疑货物即将进出口并要求海关予以扣留的，应当向货物进出境地海关提交申请书。知识产权权利人请求海关扣留侵权嫌疑货物，还应当向海关提交足以证明侵权事实明显存在的证据。
3.依职权调查
海关扣留侵权嫌疑货物后，应当依法对侵权嫌疑货物以及其他有关情况进行调查。收发货人和知识产权权利人应当对海关调查予以配合，如实提供有关情况和证据。海关对侵权嫌疑货物进行调查，可以请求有关知识产权主管部门提供咨询意见。知识产权权利人与收发货人就海关扣留的侵权嫌疑货物达成协议，向海关提出书面申请并随附相关协议，要求海关解除扣留侵权嫌疑货物的，海关除认为涉嫌构成犯罪外，可以终止调查。
4.处理对没收的侵权货物，海关将按照下列规定处置:
①有关货物可以直接用于社会公益事业或者知识产权权利人有收购意愿的，将货物转交给有关公益机构用于社会公益事业或者有偿转让给知识产权权利人;
②有关货物不能按照第①项的规定处置且侵权特征能够消除的，在消除侵权特征后依法拍卖。拍卖货物所得款项上交国库;
③有关货物不能按照第①、②项规定处置的，应当予以销毁。
