行政救济作为商标侵权救济的手段在一定时期， 特别是在计划经济体制下，对商标权保护起到了积极作用。与司法救济途径相比，行政救济的优势在于主动性、专业性、效率性，但优势与弊病从来都是相伴产生的，“ 双轨制”保护体制之下，必然会产生商标侵权救济的冲突，比如商标权利人既向行政机关申请救济，又去法院起诉的，又比如一方当事人申请行政救济，另一方当事人去法院起诉的，抑或对行政处理结果不服，又向人民法院申请司法救济的等等情况。
另外，行政救济处理结果在得不到有效执行的情况下，还需以司法强制执行。有学者认为，针对商标侵权纠纷，行政处理结果往往易偏向商标权利人，取得了效率上的优势，却是以牺牲结果的公正为代价的。对于“双轨制”保护体制下的种种弊病，在市场经济体制下，工商行政主管部门对商标的管理，应逐渐过度到规范化管理与服务职能，退出对商标权争议纠纷这项私权的救济职能，强化以司法途径来解决商标权属争议,将司法救济作为商标侵权救济的唯一途径， 理由如下:
1)政府职能转变决定商标管理职能向服务型转变如前述，商标侵权“ 双轨制”保护模式，是特定历史环境下的产物，在计划经济时期，企业多为国有、集体所有，在这样的环境下，行政机关不仅承担着对宏观经济的调控职能、对国家经济发展方向的宏观管理职能，还具体到管理和指导下属企业的运营，甚至还承担企业之间的纠纷解决、协调职能，在计划经济时代，政府是社会经济的主体。
进人市场经济时期，经济的运行与资本循环紧密联系，商品从生产者手中产出，经销售者售卖，到达消费者手中，从而实现资本循环，市场的主体是生产者、经营者、消费者,是一个个自然人、法人而不再是政府。而政府承担过多的行政管理、行政执法职能已显得多余，甚至阻碍了经济的发展，因此建立服务型政府，是发展社会主义市场经济的必然需求。从对商标权的管理来看，商标行政管理部门承担的职能可分为商标注册和服务职能、商标纠纷裁决和救济职能，服务型政府要求商标行政管理部门集中精力做好商标注册和服务职能，纠纷裁决和救济，理应属于司法主管范围。
2)法治国家建设的必然要求法治国家建设是与市场经济体制相适应的必然的政治选择。市场作为生产资源配置的主导，公民、社会组织、政府等社会主体在宪法和法律的框架下从事各种活动，政府成为守法主体。世界绝大部分国家，行政管理职能和执法职能是分离的，商标行政管理部门]的职责是为社会提供商标注册服务和规范管理,并不具备主动查处商标侵权案件的权力和商标纠纷裁决的权力。
以美国为例，商标行政管理部门是商务部下属的专利和商标局( US Patent and Trademark Office),其主要职能为行政服务功能，尽管美国政府也会运用行政权力对美国在国际贸易中的商标专用权进行保护，但其行政救济职能主要由美国海关来承担，即海关可以依职权对商标侵权商品进行检查扣留，但不具备商标纠纷裁决的职能。
在法治国家，商标专用权作为一-项私权，侵权救济、争议纠纷，是属于对私权的救济，理应通过正当的司法程序来解决。
