2001年以前，高新技术企业认定主要是针对国家高新技术产业开发区内企业进行，2001——2008年，高新技术企业认定从仅针对国家高新技术产业开发区内企业拓展到国家高新技术产业开发区外企业。2008 年以后，按科技部、财政部和国家税务总局颁发的《高新技术企业认定管理办法》（2016 年重新修订）进行认定，高新技术企业认定工作的流程大致如下。
（一）自我评价
认为符合高新技术企业认定条件的申请认定企业，先在“高新技术企业认定管理工作网”注册登记，向认定机构提出认定申请并提交申请材料，对另行建立认定工作网的认定机构所管辖的申请认定企业，也可以在当地认定工作网注册。例如，浙江省自行建立了浙江省高新技术企业认定管理工作网，浙江省（除宁波市外）管辖内的申请认定企业还需在浙江省高新技术企业认定管理工作网上传相关材料。
（二）县市初审
对建立以申请认定企业所辖县（市、区）先行形式审查工作制度的有关省、市、自治区科技局（委、厅），申请认定企业所在的县（市、区）科技局、财政局、国税局、地税局要对申请认定企业进行形式审查，对通过形式审查的申请认定企业应在“高新技术企业认定管理工作网”
确认审核，并填写相应的高新技术企业申报推荐表。
（三）认定评审
认定机构应在符合评审专家要求的专家库里，随机抽取至少3位技术专家和2位财务专家进行评审，其中，技术专家填写“ 高新技术企业认定技术专家评价表”，财务专家填写“高新技术企业认定财务专家评价表”，组长填写“专家组综合评价表”。认定机构结合专家组评审意见，对申请认定企业进行审定，提出认定意见并在当地有关网站上公示，公示无异议后，。上报全国高新技 术企业认定工作领导小组办公室备案。
（四）认定报备
全国高新技术企业认定工作领导小组办公室对当地认定机构报送的高新技术企业认定备案进行审查。审查无异议的，予以备案，并在“高新技术企业认定管理工作网”公告，由认定机构向企业颁发统一印制的“高新技术企业证书”；有异议的，由认定机构进行核实处理。
（五）享受优惠
企业可持“高新技术企业证书”及其复印件，按照《中华人民共和国企业所得税法》和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》等有关法规的规定，到当地主管税务机关办理相关手续，享受减按15％缴纳所得税的优惠政策。
